一般经过巴氏杀菌的食品仍会含有许多能够生长的微生物，通常每毫升或每克中有几千个活菌，比商业杀菌的产品的贮藏期有所缩短。巴氏杀菌技术除用于液态食品(果汁、牛乳)、酸性食品和果酱罐头等外，喷淋式巴氏杀菌机，还向其他领域渗透，如处理带壳牡蛎时用蒸汽处理法会降低牡蛎的含菌数。它的优点就是在较低温度、较短时间内处理食品，水浴式巴氏杀菌机，很大限度地使食品的色、香、味以及营养成分免受高温长时间处理的破坏。
巴氏杀菌机原理：
物料通过输送带的传送，进入隧道式喷淋杀菌、喷淋冷却、常温出瓶。在巴氏杀菌机中的各个温度区域内，容器受到不同温度水的喷淋，也就是杀菌阶段和冷却阶段。其采用了喷淋到较凉的容器上的水将会变热，这部分较热的水被用来冷却已经被杀菌处理过了的较热的容器，遵义巴氏杀菌机，以便容器进行逐步冷却，这样既可以避免过热而造成的口味损失，又能够防止容器热应力的突变而产生碎瓶或瓶变形。并且加热区域和冷却区域相互连接起来之后，能量就得到了很好地再生利用——这就是称之为能量再生原理。隧道式巴氏杀菌机充分利用了这一热量平衡原理，能耗非常低，只有杀菌区域使用了有限的能源。
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