基质消毒灭菌包括对培养基、培养料的微生物进行杀灭，它是对食用菌纯培养的必要条件。一般采用热力灭菌、拌药消毒等方法。
1、高压蒸气灭菌：将灭菌物置于密封的高压锅内，【可定做】猴头菇菌种灭菌设备，利用加压高温蒸气在较短的时间内达到彻底灭菌的方法。常用的高压锅类型有：手提式，立式，卧式；
高压法是利用高压蒸汽杀菌锅进行灭菌，当用蒸汽灭菌时，如锅内增加压力，则温度亦随之增高，例如压力0.56公斤/厘米=0.55帕斯卡。温度为112.6℃；如压力1公斤/厘米2=0.98帕斯卡。温度可达120—121℃。通常理想灭菌干120℃，20分钟能达到目地。115℃、30分钟也就可以了。
灭菌方式介绍：
1、干热灭菌。
由于一般玻璃用具，培养皿、吸管等将灭菌材料。用报纸包好后，放入烘箱中。使温度逐渐升至150—160℃保持2小时后，关闭电源。使缓慢冷却。（降温太快时玻璃易碎）即灭菌完毕。
2、湿热灭菌。湿热灭菌就是利用蒸汽杀菌。它不需要像干热灭菌时那样高的温度，因为加热杀菌是使微生物的蛋白质凝固。
而蛋白质凝固时与含水量、温度等有关，含水量大时使其凝固所需要的温度低，反之、含水量小使其凝固时所需要的温度高，温热灭菌又分常压和高压两种。
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