高温段冷却是将袋（瓶）装的98℃左右的培养料冷却到50℃左右，高温段冷却对培养料冷却环境要求不高，由于高温培养料在常温常压环境下会蒸发出大量的水蒸汽，高温培养料不宜在密闭的房间内冷却；高温段冷却完成后就可进入常温段冷却，常温段冷却必须是在封闭的房间内冷却，故要再次人工移动将培养料搬运到封闭的房间内冷却，直到培养料冷却到食用菌菌种接种的适宜温度为止，同时要求房间必须做净化处理，要求冷却空间的洁净度必须达到万级以上，以防止环境中的空气悬浮尘埃污染培养料、造成培养料袋（瓶）接种合格率下降。
在锅内达到工艺设定的冷却温度后，随即把锅内凉水排出，卸掉锅内压力，菌种灭菌设备销售电话，杀菌完毕操作工人打开连锁装置，菌种灭菌设备，开启锅门取货。
杀菌时锅内低于设定温度，交座阀门自动打开。温度升到设定温度自动关闭，使锅内始终保持设定温度。直到杀菌时间结束，杀菌锅的蒸汽对流设计，使锅内蒸汽循环杀菌，温度均匀杀菌无死角。
产品进入冷却阶段，开启水泵，把凉水输送到锅内，菌种灭菌设备什么价格，达到设定水位时停止，随即打开循环阀门，把锅内凉水进行循环，使产品温度均匀下降。
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