巴氏杀菌机原理在一定温度范围内，温度越低，菌类繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，菌类就会死亡。不同的菌类有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的菌类芽孢。
巴氏杀菌冷却线适用于包装好的榨菜、泡菜、牛奶、调味品、酱类等软包装系列，各种大小灌型、马口铁质、玻璃瓶、浆脂圆罐直径30-150mm，高度50-100mm等产品的低温杀菌，设备科按产量大小、及用户要求定制产品
市场上巴氏杀菌机主要做商业用途，同时巴氏杀菌也是国际上的通用杀菌标准，在很多大型企业都在使用，市场上的纯牛奶其他口味的酸奶都是经过巴氏杀菌。随时绿色健康食品的发展，巴氏杀菌机在很多小型的奶牛场都是有使用的，小型奶牛场使用的都很是100升或者是200升的，主要是制作新鲜纯牛奶，向市场上配送。巴氏杀菌机配备有冷水循环系统，通常的制冷方式有两种，一种是：压缩机制冷，这种制冷的方式速度快，效果好，还一种制冷方式是冷水循环制冷，主要是采用物理的降温方式，将对来讲成本要低很多。
