在我国，分布式能源系统的应用还存在一些不足之处：
对于过渡季节，分布式能源系统利用不充分。对于分布式能源站，冷热负荷一般是通过利用燃机的余热获得，天然气分布式能源制造商，由于夏季和冬季具有稳定的冷、热负荷，余热需求量较大，动力设备可以保持比较稳定的运行状态，而在春季和秋季，无较大的冷热负荷需求，可能就会使整个系统处于低效运行状态或停运状态，降低了系统的效率和使用率。
关于分布式能源的争论大多围绕并网、能效、供电质量、容量储备、燃料供应等问题。但这些争论主要集中并停留在技术层面，而忽略了以下问题：
分布式能源可以为国家节约大量的发电和输配电投资。举个简单的例子，以8%～10%的输电线损计算，我国每年输电线损达三个三峡水电站全年的发电量。建在用户端的分布式能源系统由于不需要通过电网供能，坊子天然气分布式能源，因此可以避免输电线损和节约大量的输配电投资。如考虑建设电厂的费用，节约的资金将更为惊人。另外，分布式能源系统的投资出自用户，而电厂和输配电投资出自国家。能节约线损和国家投资的事何乐而不为。
合同能源管理模式是3种模式中最复杂，经济性较差的运营模式，但是合同能源管理模式有其自身的优点：有利于大规模开发利用分布式能源产业;高效分配能源利用，提高能源利用率，节约能源成本;全新的现代市场经营模式可以不断挖掘其潜力，随着国家优惠政策的出台和电网运营模式的改革，合同能源管理模式的经济性将不断提高，特别是在节约成本，发挥节能减排方面合同能源管理模式是最现实的选择方式。
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