泥的形式存在于滤料的间隙中。根据滤床内水流方向的不同，厌氧生物滤池可分为升流式和降流失两种。在升流式厌氧生物滤池中，污水由底部进入向上流动通过滤料层，处理水则从滤池顶部旁侧流出，沼气通过设于滤池顶部最上端的收集管排出滤池。在降流失厌氧生物滤池中，污水进流与处理水出流和升流式恰好相反，但沼气收集管仍设于池顶部上端。
经第1厌氧区处理后的废水，除一部分被沼气提升外，其余的都通过三相分离器进入第2厌氧区。该区污泥浓度较低，且废水中大部分有机物已在第1厌氧区被降解，因此沼气产生量较少。沼气通过沼气管导入气液分离区，对第2厌氧区的扰动很小，这为污泥的停留提供了有利条件。沉淀区：第2厌氧区的泥水混合物在沉淀区进行固液分离，上清液由出水管排走，沉淀的颗粒污泥返回第2厌氧区污泥床。
