基质消毒灭菌包括对培养基、培养料的微生物进行杀灭，它是对食用菌纯培养的必要条件。一般采用热力灭菌、拌药消毒等方法。
1、高压蒸气灭菌：将灭菌物置于密封的高压锅内，利用加压高温蒸气在较短的时间内达到彻底灭菌的方法。常用的高压锅类型有：手提式，立式，卧式；
高压法是利用高压蒸汽杀菌锅进行灭菌，当用蒸汽灭菌时，如锅内增加压力，菌包灭菌器，则温度亦随之增高，例如压力0.56公斤/厘米=0.55帕斯卡。温度为112.6℃；如压力1公斤/厘米2=0.98帕斯卡。温度可达120—121℃。通常理想灭菌干120℃，20分钟能达到目地。115℃、30分钟也就可以了。
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