巴氏消毒法也不是万能的，全自动巴氏杀菌机使用，经过巴氏消毒法处理的牛奶仍然要储存在较低的温度下（一般<4℃），否则还是有变质的可能性。因此市场上很多出售袋装牛奶的方法是很不规范的。巴氏消毒牛奶是世界上消耗最多的牛奶品种，天津省全自动巴氏杀菌机，英国、澳大利亚、美国、加拿大等国家巴氏消毒奶的消耗量都占液态奶80%以上，品种有全脱脂、半脱脂或全脂的。
杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，全自动巴氏杀菌机品牌，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢巴氏消毒牛奶要在4℃左右的温度下保存，且只能保存3~10天，最多16天。
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