基质消毒灭菌包括对培养基、培养料的微生物进行杀灭，它是对食用菌纯培养的必要条件。一般采用热力灭菌、拌药消毒等方法。
1、高压蒸气灭菌：将灭菌物置于密封的高压锅内，利用加压高温蒸气在较短的时间内达到彻底灭菌的方法。常用的高压锅类型有：手提式，立式，卧式；
高压法是利用高压蒸汽杀菌锅进行灭菌，当用蒸汽灭菌时，如锅内增加压力，则温度亦随之增高，例如压力0.56公斤/厘米=0.55帕斯卡。温度为112.6℃；如压力1公斤/厘米2=0.98帕斯卡。温度可达120—121℃。通常理想灭菌干120℃，20分钟能达到目地。115℃、30分钟也就可以了。
黑木耳常压灭菌法
1、装锅时，筐与筐之间要有一定空隙，防止蒸气流通不畅，影响灭菌效果。
2、有大量的蒸气产生后，一定要打开排气孔排放冷气，当锅内底部温度达到100℃时，开始计算时间。
3、灭菌期间维持锅内温度不低于100℃，灭菌时间不低于8小时，否则达不到灭菌效果。
4、中间需要加水时，尽量要加热水，菌种灭菌锅，若加冷水时，应采取缓慢长流式的加水方法，哪里卖菌种灭菌锅，火势必须猛。
5、灭菌期间，若出现锅内温度低于100℃时，必须重新记时。 6、维持锅内温度100℃不应超过13小时，超时灭菌容易破坏培养基营养成份。 7、停火后，菌种灭菌锅生产基地，需焖锅3~5小时，再渐渐打开锅门，防止锅内外空气压力差压坏菌袋。
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