基质消毒灭菌包括对培养基、培养料的微生物进行杀灭，它是对食用菌纯培养的必要条件。一般采用热力灭菌、拌药消毒等方法。
一、热力灭菌：是利用高温使菌体蛋白变性，从而失去活性，达到灭菌的目的。常采用湿热灭菌的方法对培养基质进行灭菌，菌种灭菌设备，因为热蒸气的穿透力强，蛋白质的凝固点随含水量的增加而降低。又根据采用不同的仪器、温度、时间及压力指标分为高压蒸气灭菌、常压灭菌、常压间歇灭菌、发酵杀菌（巴氏消毒）等方法。
1 、高压蒸气灭菌：将灭菌物置于密封 的高压锅内，利用加压高温蒸气在较短 的时间内达到彻底灭菌的方法。常用的高压锅类型有：手提式，立式，卧式； （ 1 ）液体培养基在 1 公斤 / 平方厘米下，处理 20~30 分钟，温度约为 121 ℃。 （ 2 ）固体培养基在 1.5kg/ 平方厘米下，处理 1~2 小时，温度为 128 ℃ 高压蒸气灭菌的使用步骤： 加水至水位线—→装物—→加盖—→加热温—→放冷 气—→升压保压—→降压排气—→出锅
黑木耳常压灭菌法
1、装锅时，筐与筐之间要有一定空隙，防止蒸气流通不畅，杏鲍菇菌种灭菌设备，影响灭菌效果。
2、有大量的蒸气产生后，一定要打开排气孔排放冷气，当锅内底部温度达到100℃时，开始计算时间。
3、灭菌期间维持锅内温度不低于100℃，灭菌时间不低于8小时，否则达不到灭菌效果。
4、中间需要加水时，尽量要加热水，若加冷水时，应采取缓慢长流式的加水方法，灵芝菌种灭菌设备，火势必须猛。
5、灭菌期间，若出现锅内温度低于100℃时，必须重新记时。 6、维持锅内温度100℃不应超过13小时，超时灭菌容易破坏培养基营养成份。 7、停火后，需焖锅3~5小时，再渐渐打开锅门，防止锅内外空气压力差压坏菌袋。
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