分布式能源系统的缺点
分布式能源系统的主要不足在于，分布式能源公司，由于它是分散供能，单机功率很小，比起大电厂单机功率有百万千瓦以上、单厂功率近千万千瓦而言，高密分布式能源，发电效率显然比不上后者。这是因为现有动力设备都是机组越大，效率越高。40万千瓦的、以燃气轮机为主的联合循环装置效率比40kW回热燃气轮机的效率要高1倍。“麻雀虽小，五脏俱全”，因此大机组单位功率的售价相比小机组要低得多，相差近几倍。大机组集中在一起，有专门高级技工运行维护，安全性、工作寿命都应该更有保证。所以，要对纯发电成本和单位千瓦初投资作比较，分布式能源系统的经费投入肯定要大大高于现在的大电力系统。另外，分布式能源系统对当地使用单位的技术要求要比简单使用大电网供电高，要有相应的技术人员与适合的文化环境。
行业存在的问题
截止2015年6月，我国天然气分布式能源发展还存在不少问题，其中包括技术、经济、市场及运营管理等方面的障碍，比如用户认知度问题、设备国产化问题、并网问题、部分地区气源问题等，但核心仍是价格问题，具体可归纳为几个方面。 政策风险大、燃料价格高政策不具体，致使落实不到位。目前，国家层面及地方政府均陆续出台了鼓励天然气分布式能源发展的支持政策，提出了发展目标及措施，但因没有具体的实施细则或相关利益关系没有捋顺，牵扯到如税收优惠政策、天然气价格折让、上网电价、电力直供等问题而无法落到实处。由于国家政策没有强制执行标准，分布式能源战略风险、市场风险很高。分布式能源项目的发电输送电模式与现行的《电力法》有相违背之处。目前已投或在建项目，面临的较大阻碍仍是电力“并网”问题。目前已经建成运营的天然气分布式能源项目所发电量多是自发自用，不由电网公司统一调度，且电价一般是由项目公司与用户之间协商。再者，分布式能源制造商，天然气分布式能源系统所需要的技术含量非常广泛，最核心的是发电设备。分布式能源站目前的技术设备主要包括燃气轮机、余热锅炉、压缩式制冷、吸收式制冷、蓄冷蓄热设备以及控制系统和设备。所有这些硬件设备当中，目前国内在技术上还跟国外有较大差距，缺乏具有自主知识产权的先进技术。
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