巴氏杀菌机的杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，巴氏杀菌机哪家好，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。
巴氏杀菌机利用高温处理，虽对乳质多少有些影响，白城巴氏杀菌机，但可增强灭菌效果，这种方法称为高温灭菌（sterilization），食品巴氏杀菌机，也就是在95℃以上加热20分钟。巴氏灭菌法除牛奶之外，自动巴氏杀菌机，也可应用于发酵产品。通常，市场上出售的袋装牛奶就是采用巴氏灭菌法生产的。工厂采来鲜牛奶，先进行低温处理，然后用巴氏消毒法进行灭菌。用这种方法生产的袋装牛奶通常可以保存较长时间。当然，具体的处理过程和工艺要复杂的多，不过总体原则就是这样。
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