基质消毒灭菌包括对培养基、培养料的微生物进行杀灭，它是对食用菌纯培养的必要条件。一般采用热力灭菌、拌药消毒等方法。
一、热力灭菌：是利用高温使菌体蛋白变性，从而失去活性，达到灭菌的目的。常采用湿热灭菌的方法对培养基质进行灭菌，因为热蒸气的穿透力强，菌种杀菌设备种类，蛋白质的凝固点随含水量的增加而降低。又根据采用不同的仪器、温度、时间及压力指标分为高压蒸气灭菌、常压灭菌、常压间歇灭菌、发酵杀菌（巴氏消毒）等方法。
1 、高压蒸气灭菌：将灭菌物置于密封 的高压锅内，利用加压高温蒸气在较短 的时间内达到彻底灭菌的方法。常用的高压锅类型有：手提式，立式，卧式； （ 1 ）液体培养基在 1 公斤 / 平方厘米下，处理 20~30 分钟，温度约为 121 ℃。 （ 2 ）固体培养基在 1.5kg/ 平方厘米下，处理 1~2 小时，温度为 128 ℃ 高压蒸气灭菌的使用步骤： 加水至水位线—→装物—→加盖—→加热温—→放冷 气—→升压保压—→降压排气—→出锅
常压水煮加热杀菌处理时都采用本形式的卧式杀菌锅，本设备通过引入压缩空气实现反压杀菌。如冷却需在锅内进行，须用水泵打入锅顶部的喷水管（或采用水循环系统）。在杀菌时，由于加热使温度升高，包装袋内的压力会超过袋外（在锅内）的压力。因此，为了避免杀菌时包装物内增压而损坏，菌种杀菌设备价格，必须施加反压力，即是压缩空气通过锅内增加压力，防止包装物损坏，
由于压缩空气是不良导热体，况蒸汽本身又具有一定的压力，因此，福建菌种杀菌设备，在杀菌时升温过程中，不放进压缩空气，而只在遇到杀菌温度后处于保温时，才开放压缩空气入锅内，使锅内增加0.15～0.2Mpa。待经过杀菌后，降温冷却时，停止供应空气，将冷却水压入喷水管。由于锅内温度下降，蒸汽冷凝，而使锅内力降低采用压缩空气的压力来补偿。
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