生物质能也遭受了一些质疑，500kw生物质发电机组，认为经济的不环保、环保的不经济。生物质能与传统能源相比，具有分布分散、密度低、成分复杂、生产的周期性等劣势，增加了生物质能开发的难度，难与常规化石能源在市场上形成竞争。彭博新能源财经（BNEF）发布的报告称，自2003年以来生物质能源已吸引超过1260亿美元的投资，生物质发电机组，如此巨额的投资，目前却看似越来越“鸡肋”——要么影响粮食供应，要么完全没有经济竞争力。
然而，任何一个新产品、新技术在发展初期成本一定是较高的，这与技术水平、市场占有率和认知度有关。化石能源的成熟利用是建立在200多年科研积累基础之上的，而生物质能利用技术发展时间不足20年。我们需要给新生事物一些“宽容”和成长的空间。
生物质发电技术主要是利用农业、林业和工业废弃物为原料，也可以将城市垃圾作为原料，采取直接燃烧或气化的发电方式。生物质发电的技术路线主要有秸秆直燃发电、煤与秸秆混燃发电、秸秆气化发电。
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